Durante la presidencia de José M. Plácido Caamaño, el gobierno del Ecuador tuvo conocimiento de la gran labor de los salesianos en Argentina y realizó todos los trámites correspondientes para traerlos al país.

El 6 de diciembre de 1887 salió la expedición salesiana a Ecuador con ocho misionero: P. Luis Calcagno (Director), P. Antonio Fusarini, P. Francisco Mattana, P. Ciriaco Santinelli, clérigo José Rostoni y los coadjutores Juan Sciolli, Juan Garrone, José Matteo. El 12 de enero de 1888 desembarcaron en Guayaquil y llegaron a Quito el 28 de enero. Don Bosco conoció de su llegada les envió su bendición y falleció el día 31 de enero.

En Quito el gobierno les entregó el Protectorado Católico, y con ello se dio inicio a la labor salesiana en el país.  El 18 de febrero de 1888, comenzó el Oratorio Festivo y el 15 de abril se inauguraron los Talleres Salesianos del Sagrado Corazón, seguido por otras obras como la Escuela de Artes y Oficios y la transformación del penal García Moreno, entre otras.

 En 1889 se comenzó la organización de la Asociación de Cooperadores Salesianos que apoyaban con su aporte al sostenimiento de la obra salesiana.

En 1891 se inició la expansión salesiana, desde Quito hacia Riobamba, en 1893 hasta Cuenca  y luego hasta Gualaquiza, en la región amazónica. El Vicariato de Méndez y Gualaquiza, erigido el 8 de febrero de 1893 por el Papa León XIII, fue encomendando a los salesianos,

 El 30 de agosto de 1896 se dio inicio al Instituto Don Bosco, primera obra salesiana propia en el Ecuador. Posteriormente se fundaron obras en otras ciudades del país: Guayaquil 1902, Manabí 1927; Indanza 1914, Méndez 1915, Macas 1924, Sucúa 1931 y Limón 1936. Hasta el año de 1893, las casas salesianas del Ecuador formaban una Visitaduría, ese año se la erigió en Inspectoría y su primer Inspector fue el Padre Luis Calcagno.

Desde 1888 las obras educativas y apostólicas se han ido multiplicando por el Ecuador, insertándose en los diversos grupos sociales, con el fin de responder a las necesidades de los jóvenes, especialmente de los más pobres, a través de una educación de calidad, basaba en el Sistema Preventivo e inspirada en los valores del Evangelio, con el fin de formar "honrados ciudadanos y buenos cristianos".

Hoy, los Salesianos de Ecuador son alrededor de 200 hermanos, distribuidos en 27 comunidades en costa, sierra y amazonía.